本发明提供一种微网群的协同控制方法、装置、系统及存储介质，该方法包括：通过响应接收到的负荷扰动信号，初始化预设的分布式三区域微网群协同自动发电控制模型中的强化学习控制器内的初始参数；强化学习控制器根据所述初始参数和初始系统状态，选择并执行初始目标调节总功率指令，得到新的系统状态；根据所述新的系统状态计算奖励函数值，并更新强化学习控制器对应的值函数和资格迹；根据更新后的值函数和资格迹，输出当前的系统状态对应的目标调节总功率指令。本发明实现了对拓扑结构和运行环境更为复杂的分布式多区域微网群的协同控制，解决了在能源出力不确定、负荷随机波动的情况下控制性能变差的问题。