本发明公开了并网运行控制领域的一种并网运行控制方法、系统及存储介质，包括：通过风机带动永磁同步电机将风能转化为电能并且经过风机变换器和滤波线路并入电网；对转子阻尼系数Dp和转子转动惯量J进行自适应控制；基于最大输出功率Pref、转子阻尼系数Dp和转子转动惯量J计算交流侧电压相位参考值θref；根据输出电压幅值E和交流侧电压相位参考值θref计算三相电压参考值u*oabc；将输出三相电压参考值u*oabc输入至电压电流双闭环控制单元获得三相电压参考值u*iabc；根据三相电压参考值u*iabc调节网侧换流器的输入电网功率；减小了风机并网系统频率的变化峰值与振荡幅度，提高风机并网系统的稳定性。