本发明公开了一种零知识证明量子身份认证方法及系统，认证方法包括以下步骤：设定通信双方证明方为Alice，验证方为Bob，为Alice设定判定函数，为Bob提供所述判定函数的对应输入和输出；Bob制备2K组叠加态，并发送其中一组至Alice；Alice对收到的叠加态结合判定函数的输入输出映射进行相位翻转操作；Bob对手中一组叠加态进行函数输出的相位翻转操作；Bob通过swap测试量子线路图，对Alice和Bob各自翻转后的结果进行测量；Bob将剩余K‑1组叠加态副本依次发送给Alice，Alice和Bob重复翻转计算测量步骤，根据测量结果，判断Alice量子身份信息的真实性；本发明保证了双方不用泄露自身其他信息即可完成身份认证，完善了传统量子身份认证的不足之处。