本申请提供一种柔性直流输电换流阀的冷却系统及其控制方法，涉及柔性直流输电技术领域。其中，系统包括：喷淋水池的出水口依次与自循环泵、电导率变送器、第一电动蝶阀、过滤器、第三电动蝶阀、喷淋水池的进水口连接，以形成第一控制管路，第一控制管路用于在第一电导率大于第一预设电导率的情况下，对喷淋水池中的水进行过滤；喷淋水池的出水口依次与自循环泵、电导率变送器、第二电动蝶阀、过滤器、第四电动蝶阀连接，以形成第二控制管路，第二控制管路用于在过滤器的过滤效率低于预设过滤效率的情况下，对过滤器进行反洗。本申请技术方案使得对过滤器进行反洗清洁的人力成本减少。