本发明属于生态流量监测技术领域，具体涉及一种河道内生态流量监测断面生态流量实时预警设备及方法，该设备包括鱼道主体、单层过鱼通道、多层过鱼通道、预警系统和补水系统，鱼道主体中设有往复式共侧墙鱼道，往复式共侧墙鱼道的进口处安装有单层过鱼通道，出口处安装有多层过鱼通道；鱼道主体的外侧设有补水系统；预警系统包括控制器、活体检测传感器、图像拍摄模块、鱼类识别模块和无线通信模块。本发明简化基于鱼类水文需求的河道生态流量计算方法，能够根据时段优选出具有较好代表性的鱼类，实现监测河道内生态流量并进行实时预警。