本发明公开了计及主瓣重叠干扰的近频谐波与间谐波测量方法及系统，包括对第一采样信号进行离散傅里叶变换，形成第一频谱；将第一频谱的泄露干扰分解为基频泄露干扰、非近频频谱泄露干扰和主瓣重叠干扰；利用插值算法计算基波分量的幅值、频率与相位参数，从第一采样信号中剔除基波分量以消除基频泄露干扰，得到第二采样信号且形成第二频域信号；对第二频域信号进行频谱线性化与频谱错位相减，从第二采样信号中消除非近频频谱泄露干扰，形成第三频谱并分解为多个频谱组；对每个频谱组构建主瓣重叠干扰模型，采用自适应Newton法求解主瓣重叠干扰模型以消除主瓣重叠干扰；并能够准确计算剔除干扰后的各谐波与间谐波的参数，有效提