本申请提出了一种风机结构模态参数的识别方法及系统，该方法包括：获取风机结构的振动信号,并对振动信号进行傅里叶变换，获得风机结构的多阶固有频率的初步估计值；依次对初步估计值进行滤波处理和经验模态分解，获得风机结构的多阶固有模态函数；通过随机减量技术对每阶固有模态函数进行处理，提取出每阶模态的自由振动衰减响应信号；对每阶模态的自由振动衰减响应信号进行希尔伯特‑黄变换，并对变换后的信号进行模态分析，获得风机结构各阶模态的多个模态参数。该方法提高了对风机结构模态参数的识别精度。