本发明公开了一种用于变压器中性点与电抗器的绝缘配合方法及系统，属于输变电工程技术领域。本发明，包括：基于所述电磁暂态模型仿真计算得到，所述变压器中压侧单相接地、两相接地故障工况下变压器中性点电抗器的最大工频暂时过电压Up；仿真计算得到，不同操作和故障下所述变压器中性点电抗器的最大操作过电压Us；并基于操作过电压水平Usw，确定工频耐受电压Upw和雷电冲击耐受电压Ulw；基于所述绝缘水平对变压器中性点与电抗器进行绝缘配合。本发明明确了变压器中性点及接地电抗器的绝缘水平的选择方法和流程，过程清晰，经济性高且便于实施。