本发明涉及活体异养蛋白核小球藻在促进植物生长中的应用，所述促进植物生长包括促进根系生长。本发明通过实验证明，在培养的吊兰中根施辅助叶面喷施活体异养蛋白核小球藻藻液，与喷施活体自养蛋白核小球藻、硅藻、珊藻和鱼腥藻相比，能显著促进吊兰的根系生长，并促进地上部分的叶色变为鲜绿；在培养的杜鹃中根施辅助叶面喷施活体异养蛋白核小球藻藻液，与喷施活体自养蛋白核小球藻、硅藻、珊藻和鱼腥藻相比，能显著促进杜鹃的根系生长、侧枝萌发和侧枝生长，并保持地上部分的叶色为鲜绿，保持杜鹃的正常生长。本发明避开了小球藻破壁难的技术局限，具有操作简单、绿色、环保、效果显著、无公害等优点，适用于大规模的应用和推广。