本申请提供一种水性短链含氟丙烯酸酯聚合物及其制备方法和应用，涉及材料领域。水性短链含氟丙烯酸酯聚合物，其结构通式为：#imgabs0#其制备方法包括：将双短氟链基单体、含氟丙烯酸烷基酯类单体、乳化剂、助乳化剂和去离子水混合，分散处理后在无氧环境下使用引发剂进行共聚反应，淬灭、纯化得到所述水性短链含氟丙烯酸酯聚合物。水性短链含氟丙烯酸酯聚合物的应用，用作对纺织品、纸张、橡胶进行表面处理的拒水拒油整理剂。本申请提供的水性短链含氟丙烯酸酯聚合物，具有优良的拒水拒油效果，避免了长碳链含氟共聚物的难降解、生物积累，环境危害的问题，绿色环保，对环境友好。