本申请提供了一种疏水聚酯纤维及其制备方法和应用，所述疏水聚酯纤维的制备方法包括以下步骤：将疏水聚酯母粒与聚合物进行熔融共混，喷丝得到原纤，所述疏水聚酯母粒包括聚酯、分散剂、抗氧剂、疏水功能添加剂和无机碳酸盐；将所述原纤进行热牵伸，将热牵伸后的原纤牵入酸性溶液中，反应后获得表面粗糙改性聚酯纤维；洗去所述表面粗糙改性聚酯纤维表面残留的酸性溶液，烘干得到疏水聚酯纤维。区别于现有技术，上述技术方案在疏水聚酯纤维中添加了一定的无机碳酸盐，在后续的酸溶液浸泡下，无机碳酸盐发生分解反应，从而在纤维表面留下许多的微观纳米粗糙结构，不仅可以获得较为优越的疏水性能，还可以提高耐磨性和耐水洗性能。