本发明涉及一种波导限幅滤波结构及雷达系统，该结构包括波导本体、第一销钉和第二销钉。第一销钉和第二销钉插入于波导本体的波导H面中央，第一销钉和第二销钉沿波导H面中心线排列，且两销钉之间距离为设定距离。第一销钉贯穿波导本体且销钉直径为第一设定直径，第二销钉插入波导本体的深度为设定深度且销钉直径为第二设定直径。第一设定直径大于第二设定直径。第一销钉分为三段且每两段之间通过二极管连接，第一销钉设有用于销钉结构支撑的圆柱形封装层，第二销钉为圆柱形销钉。大幅提升了波导滤波与强电磁防护性能。