本发明涉及微生物领域，尤其涉及能够缓解便秘与腹泻的婴儿源动物双歧杆菌乳亚种、微生物菌剂及其应用。本发明提供了动物双歧杆菌乳亚种(Bifidobacterium animalis subsp.lactis)AUI2301，其保藏编号为：CGMCC No.26770。本发明的AUI2301来源于中国健康婴儿的粪便，属于婴幼儿肠道的优势菌种之一。在便秘模型中，AUI2301能够显著缩短首次排黑便时间，并回调乙酰胆碱脂酶水平；在腹泻模型中，干预第二天即可显著降低腹泻评分并降低盲肠器官指数；在两个模型中的效果优于目前广泛应用的鼠李糖乳杆菌LGG。