本发明公开了一种肺癌早筛早诊分子标志物。本发明提供了PRTN3基因甲基化作为标志物在制备产品中的应用；其中甲基化为PRTN3基因中包括选自SEQ ID No.1、SEQ ID No.2和SEQ ID No.3所示3个DNA片段中的任意一个或多个CpG位点的甲基化；所述产品的用途为如下至少一种：辅助诊断肺癌或预测肺癌患病风险；辅助区分肺部良性结节和肺癌；辅助区分肺癌不同亚型；辅助区分肺癌不同分期。本发明研究发现了肺癌患者血液中PRTN3基因的低甲基化现象，本发明对提高肺癌早期诊疗效果和降低死亡率均有重要的科学意义和临床应用价值。