本发明公开一种色散补偿调节方法及系统，涉及光谱仪技术领域，包括：获取干涉信号；其中，参考臂反射的光信号为光束通过色散补偿棱镜对入射至反射镜后，经反射镜反射的光信号；确定干涉信号中的等光程点波峰或等光程点波谷，调节参考臂光程或样品臂光程，判断等光程点波峰或等光程点波谷的移动方向；根据移动方向调节光束通过色散补偿棱镜对的厚度，再调节参考臂光程或样品臂光程，使等光程点波峰或等光程点波谷移动至探测器中心位置，获取此时干涉信号的波峰数量；判断波峰数量是否满足阈值要求，若不满足，则继续调节参考臂光程或样品臂光程，直至厚度调节后的波峰数量满足阈值要求，实现色散的快速、自动且准确的补偿。