本发明公开了一种用于光伏制氢系统的自动负载切换控制方法及系统，当来自光伏阵列的输入功率变化时，采用检测输出电压的方式，判断当前工作光伏负载的功率大小，进而确定需要工作的模块数量；如果低于输出电压的上限Vu1且高于输出电压的下限Vd1，系统将不改变模块数量，只通过调整相应模块的占空比来分配功率；如果相反，在系统中增加或减少相的数量，实现了采样和实时改变后级Buck的输出电压以分配中间母线处的功率。本发明保证了中间母线电压的稳定，使得系统能够在变换器的输入功率变化时，自动切入切出后级的并联模块以保证输出电压快速达到稳定。