本发明属于土壤改良技术领域，尤其涉及一种提高潜育化稻田肥力的水稻施肥方法及其应用。具体包括以下步骤：步骤一、插秧或播种前10天，在稻田周围开沟排水；步骤二、施用底肥前5‑7天，施用生石灰；步骤三、插秧前3‑5天或播种前13‑15天施加有机肥；步骤四、插秧前1‑3天或播种前11‑13天施加基肥；步骤五、移栽后5‑10天或播种后15‑20天施加分蘖肥；步骤六、移栽后25‑30天或播种后35‑40天施加穗肥。本发明通过科学配比化肥和科学的施加方式，降低化学肥料给土壤带来的危害，提高水稻产量；通过有机肥和生石灰增加土壤肥力、缓解土壤酸碱性，提高土壤结构的稳定性，缓解土地出现潜育化现象对水稻的影响。