本公开提供了一种鉴定水稻黑褐色颖壳基因HK4的引物组及其方法和应用，属于分子遗传学领域。所述引物组包括：第一引物对、第二引物对、第三引物对、第四引物对、第五引物对、第六引物对、第七引物对、第八引物对、第九引物对和第十引物对，每个引物对均包括：正向引物和反向引物。本发明实施例提供了一种鉴定水稻黑褐色颖壳基因HK4的引物组及其方法和应用，水稻品种AC‑1613具有黑褐色颖壳基因HK4，该引物组能够利用PCR扩增反应准确的鉴定出水稻黑褐色颖壳基因HK4，同时，该鉴定方法方便快速，不受环境影响。