本发明属于能源开采、地热能开采、水力压裂技术领域，具体涉及一种干热岩多频耦合扰动水力压裂的方法与系统；通过多个压力源产生的多个水锤波的传播、叠加与干涉，即多个压力源的耦合作用，实现水力压裂中压裂液压力的多频化，强化水锤效应冲击作用力的增益效果，以达到提高水力压裂造缝效率的目的；同时通过实时监测井下压裂液与储层的各项数据，判断储层水力压裂造缝的进程，从而为动态调整多频水力压裂策略提供参考；本发明输出压裂波形具多样性与灵活性，有望提高水力压裂造缝效率，争取更好的压裂改造效果；装置结构简单、易操作，可作为新的压裂手段，亦可作为现有压裂装置的改造升级，具有工程应用前景。