本发明提供了一种卫星全系统耦合轨道设计方法及系统，计算准太阳同步漂移圆轨道；基于准太阳同步漂移圆轨道，针对观测恒星任务和观测太阳任务的观测要求，对观测恒星任务的载荷以及观测太阳任务的载荷的分时观测轨道倾角进行设计工作，并在超期服役时间段内阳照区二维对日阴影区补充观测恒星任务的任务时间；根据观测轨道倾角的设计结果，再次判断调整后的轨道任务观测是否满足观测要求：如果不满足，则通过轨道倾角i的偏置量大小调整降交点地方时的漂移速率，如果满足，则判断运载火箭是否有不可实施状态：如果有，则结束，如果没有，则微调轨道倾角i的偏置量大小，完成卫星全系统耦合的轨道设计，实现性价比最高的卫星研制设计依据。