本发明提供一种高山冰川湖泊水量变化预测方法和系统，包括：构建所述高山冰川湖泊水量来源的各贡献因素的时间序列；基于所述高山冰川湖泊水量来源的各贡献因素的时间序列以及所述高山冰川湖泊流域的海拔高程计算所述各贡献因素的水量贡献；构建所述高山冰川湖泊水量变化时间序列；基于所述各贡献因素的水量贡献和所述高山冰川湖泊水量变化时间序列确定所述各贡献因素变化对所述高山冰川湖泊水量变化的贡献。能够更准确地预测未来的水资源变化和环境效应，为水资源管理和环境保护提供科学依据。