本发明公开了鉴定领域中基于高通量测序技术在多组学层面识别肿瘤新抗原的方法、装置及计算机可读存储介质。本发明所要解决的技术问题是如何基于高通量测序技术在多组学层面分析识别肿瘤新抗原。本发明首先获得待测肿瘤患者肿瘤样本的全外显子测序数据、转录组测序数据以及血液白细胞样本的全外显子测序数据；将测序数据比对到参考基因组得到比对数据，从比对数据中获得肿瘤样本的突变数据和待测肿瘤患者的HLA I类抗原分型；然后基于突变数据确定突变型多肽，根据突变型多肽和HLA I类抗原的结合力鉴定突变型多肽是否为新抗原。本发明可以实现更多可能产生肿瘤新抗原的分子事件的识别，可应用于制备肿瘤疫苗和相关药物。