本发明属于电力系统及其自动化技术领域，公开了一种少测量样本条件下的配电网状态结构估计方法及系统，配电网状态结构估计和网格化；确定分布式电源节点、网格的拓扑结构和负荷节点；配电网测量单元采集；输入配电网每个测量单元采集量，完成计算网格中与其他未有测量单元的节点间误差值和测量误差矩阵；计算各网格间的状态变量；计算各网格中的网损与电压偏差和新样本的状态估计值误差值；以配电网总体网损最小、电压偏差最小为原则，并以新样本的状态估计值误差作为权重，优化配电网的拓扑结构图。本发明为分布式新能源接入配电网的全景电网拓扑构建与数据融合提供了一种解决方法，从而提高城市配电网调控和供电的可靠性。