本发明涉及一种降解烟草中果胶的复合菌发酵产物及其制备方法和应用，所述复合菌发酵产物包括不动杆菌Acinetobacter sp.B‑12发酵产物和泛菌Pantoea sp.B‑3发酵产物，不动杆菌Acinetobacter sp.B‑12菌株的保藏编号为CCTCC NO：M 20221166，泛菌Pantoea sp.B‑3菌株的保藏编号为CCTCC NO：M 20221165。本发明所述复合菌发酵产物具有较好的果胶降解的效果，且制备工艺简便高效，烟丝处理成本较低，处理周期较短、安全可靠，可有效改善烟丝品质，因而在卷烟制造技术领域具有较好地推广应用价值。