本发明公开了一种基于非均匀采样模板的磁共振对称谱重建方法，包括：构建采样模板；构建具有稀疏约束的磁共振谱重建模型；将具有稀疏约束的磁共振谱重建模型转换为具有严格对称约束和稀疏约束共同约束的磁共振对称谱重建模型；采用截断牛顿内点法分两步重建谱图。本发明将采样模板和重建方法相结合，可以重建出交叉峰质量较高的磁共振对称谱，在采样模板和重建方法中充分利用了磁共振对称谱的对称性先验，操作简单，针对性强，效果优良，最终实现了磁共振对称谱非均匀采样高质量重建，尤其是磁共振对称谱中交叉峰的高质量重建。