本发明涉及一种弱电网系统高次谐波的滤波方法和系统，属于电网谐波抑制领域，一种弱电网系统高次谐波的滤波方法包括如下步骤：获取电网侧的谐波频率，采集发电机转子侧的在该谐波频率下的谐波电流；根据采集到的谐波电流判断电网侧的谐波是不是发电机的转子侧产生的，若不是，则利用网侧滤波方式消除该谐波，否则，则利用转子侧滤波方式消除该谐波。从源头解决电网谐波的问题，通过对转子侧的谐波进行滤波抑制，达到解决电网谐波的问题。通过分情况解决电网谐波的问题，来节约控制成本和提高控制的有效性，进一步解决了谐波引起谐振故障的问题，提高了电网和并网设备的安全性。