本发明公开了一种降低小葱连作障碍的调理剂制备装置及其制备方法，其中装置包括反应釜，反应釜一侧具有供原料输入的输入口，底部具有输出口；反应釜内同心设置有可周期性变速转动的传动轴，传动轴上设置有第一横臂，第一横臂上设置有与传动轴平行的搅拌杆，搅拌杆上分布有多组桨叶，第一横臂上设置有动作机构，动作机构受驱动于传动轴的周期性变速转动，能够带动搅拌杆自身周向往复转动，本发明通过在反应釜中设置传动轴、第一横臂、搅拌杆以及动作机构等结构，可便捷地实现搅拌杆在跟随传动轴周向转动的同时实现自身的往复转动，以提高对原料的混合搅拌效果及效率，省时省力。