本发明公开一种真实页岩干酪根孔隙模型的构建方法及系统，涉及油气田开发技术领域，方法包括：采用SEM扫描电镜对待用真实岩样进行扫描，以得到待用真实岩样的二维扫描图；采用预设RCF边缘检测模型，对待用真实岩样的二维扫描图进行特征提取，以得到干酪根孔隙形状特征图；基于干酪根孔隙形状特征图，构建三维初始干酪根孔隙模型；三维初始干酪根孔隙模型包括孔隙原子团和多个干酪根分子；对三维初始干酪根孔隙模型进行模拟退火后，去除三维初始干酪根孔隙模型内的所述孔隙原子团，以得到待用真实岩样的干酪根孔隙模型。本发明得到更贴合实际且具有更高精度的页岩干酪根孔隙模型。