本发明提供基于生化知识图谱的数据存储方法、系统及存储介质，涉及知识图谱存储技术领域，包括如下步骤：步骤S1，获取生化知识中的生化实体、实体关系、实体属性以及属性值；步骤S2，对生化实体进行分析；步骤S3，设置多台存储服务器；步骤S4，对不同生化分类中的生化实体进行分析；步骤S5，对搜索语句进行分析，得到用户的搜索实体；步骤S6，对搜索实体进行分析；本发明用于解决现有的知识图谱存储技术还存在单表存储数据过大以及类型表数量过多的情况，导致数据的查询成本增加以及表内存在大量重复数据的问题。