本发明提供一种基于CMOS的组织切片成像系统，包括光源和沿光路依次设置的载玻片、CMOS图像传感器，载玻片上贴附有待测生物组织切片，系统在CMOS图像传感器中成像；其中，CMOS图像传感器包括IR滤光片和CMOS芯片，CMOS芯片设有CMOS感光阵列。本发明将纳米光学领域与便携式CMOS图像传感器的有机融合，对CMOS图像传感器进行特殊处理，不具有凹透镜，光圈等光学组件，仅包含IR滤光片和CMOS芯片作为成像组件，可不进行光学对焦直接对组织样品成像，形成高对比度的全彩图像，同时辅以算法将所得到的组织切片图像进行增强、显示并提供建议。实现小体积便携的切片成像系统，能够在恶劣条件下使用，且价格低廉，满足各级医院、各种地区的病理检测的需求。