本发明提供一种核酸适体识别石斑鱼虹彩病毒的应用与该核酸适体，该应用不包括在疾病诊断中的应用，且，核酸适体为一段长度为50bp的核苷酸序列，具体如序列表SEQ ID：1所示。用于检测石斑鱼虹彩病毒的核酸适体包括如SEQID：1所示的核苷酸序列或其衍生物。本发明利用SELEX技术，筛选得到的核酸适体对石斑鱼虹彩病毒具有较高的亲和力和特异性。与现有的蛋白类抗体相比，本发明所提供的核酸适体具有亲和力高、成本低、性能稳定、易于化学合成、易于标记等优点。由此采用本发明所提供的核酸适体对石斑鱼虹彩病毒进行检测时，不仅操作简单快速，还能够达到较高的准确率和灵敏度。