本发明公开一种无动力滑翔导弹时变编队跟踪控制方法、系统及电子设备，涉及导航控制技术领域，该方法包括：构建无动力滑翔导弹的初始动力学模型；计算跟踪控制误差信息；基于跟踪控制误差信息和初始动力学模型计算期望指令从而确定线性化后的动力学模型和线性化变量；基于线性化后的动力学模型和所有线性化变量构建线性化动力学标称控制模型、约束模型和代价函数模型并离散化，从而构建无动力滑翔导弹滚动优化跟踪控制模型；基于初始离散时刻的速度、弹道倾角、弹道偏角和控制变量、无动力滑翔导弹滚动优化跟踪控制模型、约束模型、代价函数模型计算各离散时刻的目标控制变量从而得到连续控制变量。本发明提高了时变编队跟踪控制精度。