本发明提出了一种辐射源个体长时重频特征提取方法，包括以下步骤：收集长时中频脉冲采样数据；在每一次截获的脉冲中选取平均信噪比最高的100个连续脉冲串作为一段有效脉冲，则上述采集到的数据可被分为若干段。逐段提取个体短时重频特征值；对短时重频指纹特征值，按天进行直线拟合；选择距离所得直线较近的80％的点，进行重新拟合以降低误差，得到新的直线；对不同日期的拟合直线的直线参数进行加权平均计算，得到加权平均值K和B。该组直线参数即为辐射源的长时重频特征值。本发明能够实现长时间的辐射源重频指纹特征提取和监测，提高长时间尺度下个体识别的准确性。