本发明提供了基于医疗废水监测的智能处理方法及系统，涉及数据处理技术领域，其方法包括：遍历医疗业务类型进行污染物关联，生成多组关联污染物和多组污染物原料消耗系数，结合业务执行时区和业务执行规模进行执行单元总数累积，生成污染物预测含量，若其小于预测含量阈值的污染物类型删除，生成留存污染物类型配置污染物监测装置，通过污染物监测装置对污水取样结果进行处理，生成多个污染物监测含量进行集中值评估，生成污染物代表含量，将污染物代表含量添加进医疗废水监测结果，解决现有技术中通过污染排放废水进行取样检测确定污染物，其针对性较差导致污染物检出效率较低的技术问题，实现基于医疗废水进行合理化监测，提高污染物检出效率。