本发明公开了一种综合能源服务商多时间尺度收益分配方法及系统。其中，该方法包括：建立综合能源服务商多时间尺度利益分配框架，综合能源服务商多时间尺度利益分配框架包括中长期市场交易层和现货市场交易层；确定中长期交易市场层的新能源和中长期市场交易层的可调节负荷利益，确定中长期市场下的补偿结算；确定现货市场交易层的实际容量占比，确定现货市场交易层的新能源和现货市场交易层的可调节负荷利益；根据述中长期市场下的补偿结算，利用中长期交易市场层的新能源和中长期市场交易层的可调节负荷利益对可调节负荷进行补偿；根据现货市场交易层的实际容量占比，调节现货市场交易层的新能源和现货市场交易层的可调节负荷利益的容量占比。