本发明公开了一种从忍冬叶中提取木犀草苷及忍冬苷的提取分离纯化系统，包括提取单元、分离单元及纯化单元，利用提取浓缩釜完成对忍冬叶的提取与浓缩，利用树脂柱层析装置分离出含木犀草苷及忍冬苷的浸膏粉，利用硅胶柱色谱装置对浸膏粉进行初级纯化，得到木犀草苷及忍冬苷的粗品，再通过凝胶柱层析装置终极纯化、液相色谱仪定性分析及重结晶装置处理，得到木犀草苷及忍冬苷；本发明还公开了利用该提取分离纯化系统从忍冬叶中提取木犀草苷及忍冬苷的方法，步骤简单，获得的木犀草苷及忍冬苷纯度高，所用溶剂可回收、重复利用，大孔树脂及凝胶可反复使用，制备成本低、污染较少。