本发明涉及壳质多糖技术领域，具体涉及一种具有抑菌效果的阳离子型羧甲基壳聚糖及其应用。阳离子型羧甲基壳聚糖制备方法包括：（1）将环氧氯丙烷加入N,N‑二甲基正辛胺中，环氧氯丙烷与N,N‑二甲基正辛胺的质量比为0.75:1‑1:1，40‑45℃下加热搅拌反应3‑5h，得到环氧烷基季铵盐；（2）将步骤（1）制备的环氧烷基季铵盐加入到羧甲基壳聚糖水溶液中进行反应，羧甲基壳聚糖与环氧烷基季铵盐的质量比为4:1‑5.2:1，控制温度在40‑50℃，反应72‑96h，制备得到阳离子型羧甲基壳聚糖。本发明制备的阳离子型羧甲基壳聚糖对白色念珠菌具有良好的抑菌效果，季铵盐取代度低，细胞毒性较小。