本发明涉及计算机技术领域，公开了一种远程升级复杂可编程逻辑器件操作系统、方法及介质，该系统包括：客户端，用于当接收到针对复杂可编程逻辑器件进行升级的操作指令时，检测主基板管理控制器是否发生故障；当确定主基板管理控制器发生故障时，从至少一个从基板管理控制器中选取目标基板管理控制器；向目标基板管理控制器发送升级操作指令；目标基板管理控制器，用于根据升级操作指令，通过开关控制单元，建立与多个复杂可编程逻辑器件中的目标复杂可编程逻辑器件之间的通信连接；并在建立通信连接成功时，完成对目标复杂可编程逻辑器件的系统升级操作。该方案可以保证复杂可编程逻辑器件的顺利升级，保证系统正常工作，提高系统的稳定性。