本发明涉及囊中囊胶囊制备技术领域，具体说是一种制备沙棘籽油和果油的囊中囊胶囊的方法；包括以下步骤：S1：原料准备；准备需要封装的药物或活性成分，同时准备适量的胶囊壳材料，大胶囊和小胶囊；S2：制芯；工作人员取出其中一种药物，将其中一种药物成分封装到小胶囊内，完成制芯的过程；S3：成型注芯；制备大胶囊，封装另一种药物或活性成分，同时留有足够空间容纳小胶囊，将制备好的小胶囊放入大胶囊中，确保小胶囊完全封闭在大胶囊内，即形成了囊中囊结构的胶囊；S4：包装入库；对胶囊进行适当的包装，最后入库；本发明通过将两种不相容的活性成分分别封装在内层和外层胶囊中，可以防止它们相互接触，减少相互作用的可能性。