本发明涉及一种计算机辅助设计抗菌肽的方法，旨在快速、有效、理性地设计具有抗真菌活性的多肽药物。该方法通过集成序列切片、单点突变和全局优化三个步骤，利用已知多肽数据建立判别和活性预测模型，理性设计具有抗某些特定微生物活性（本发明专利中以真菌举例）的多肽序列。该设计方法通过比较序列切片和突变前后的抗菌指数，寻找长度更短且具有广谱抗菌能力的多肽序列。以序列切片或者单点突变的序列为初始值，通过抗菌指数最小化为优化目标函数，使用COBYLA算法进行全局优化，以获得抗菌活性增强的新序列。该方法的应用前景广阔，可为抗菌肽药物的快速设计提供理论基础。