本发明公开了一种平原河道农业面源污染防治生态湿地系统的构建方法，先在河道岸坡的外侧构建一级生态净化区，在河道岸坡上构建二级生态净化区，在河道的滨水区构建三级生态净化区。本发明在河道岸坡外侧开挖拦截沟渠收集汇流的农业面源，可在拦截沟渠内种植乡土植物形成一级生态净化区；在河道的岸坡上施工二级生态净化区，进一步除去水流中的氮和磷；滨水区构建三级生态净化区，进一步进一步出去农业面源中的氮和磷，农业面源拦截能力强且生态多样化。另外，本发明充分利用河道的岸坡和滨水区，只需在岸坡外侧开挖一定宽度的拦截沟渠即可，减少占地面积，特别适用于河岸空间较为狭窄的河道。