本发明公开了一种提取密蒙花有效活性成分的方法及其应用，本方法是将粉碎后的密蒙花先用密蒙花经过乙醇回流提取，浓缩，获得的密蒙花醇提取物再分别利用石油醚、乙酸乙酯、正丁醇萃取，剩余的水相在经过减压浓缩，经过D101大孔树脂柱进行提纯处理，干燥后获得的目标产物经过结构鉴定，确定为毛蕊花糖苷单体化合物。本发明方法通过对密蒙花毛蕊花糖苷化合物的有效分离，能够为更好的把控密蒙花的质量标准，更深入研究其药理作用做好铺垫，为临床开发抗肿瘤、抗氧化、免疫调节活性等新药的研究奠定基础。