本申请公开了一种高铁列车停站方案设计方法，方法包括：针对新增高铁列车根据有同向参考列车或无完全同向参考列车进行停站方案的设计，若有完全同向列车则参考高客座率列车设计停站方案；若无完全同向的参考列车，则结合新增高铁列车部分区段在参考图期内有无参考列车、停站比及到发送人数排序设计停站方案，并最终输出新增列车的停站方案；针对新增停站方案，基于多层OD客流需求满足度输出一次停站调整方案，基于一次停站调整方案，进一步根据列车运输能力输出二次停站调整方案后，采用列车客座率进行二次停站调整方案的优化，输出最终的高铁列车整体停站方案。本申请还公开了一种高铁列车停站方案设计系统、介质及设备。