本发明公开了一种基于客流去向结构的轨道交通OD客流预测方法及系统，涉及城市轨道交通短时OD客流预测技术领域包括构建时段类别预测模型，输入历史客流数据构建数据集；预测分时客流去向结构，计算同时段下的历史时段客流去向结构的权重，权重加权得到客流去向结构数据的初步预测值；构建客流去向结构自适应修正模型，利用状态空间模型作为客流去向结构自适应修正模型；预测当前时段的客流去向结构数据作为粒子集合，对粒子集合重采样，计算客流去向结构的自适应修正数据。本发明在准确性、可靠性和稳定性方面都取得更加良好的效果。