本发明公开了微生物冷位开采方法和微生物循环注采系统，该方法包括：采用稠油油藏内提取的杂多环烃降解功能菌作为外源菌，筛选外源菌具有敏感特征反应的促生剂及激活条件，将菌液注入至油井或水井；对油井或水井采出液进行地面油水分离处理得到分离水和分离油；分析分离水中微生物菌剂的数量、促生剂及主要代谢产物的浓度；优化分离水中微生物菌剂和促生剂的浓度，使分离水菌液浓度达到预设回注液条件，并回注至油井或水井。本发明通过外源菌或促生剂的地面地下循环，不但可以保证所注入外源菌可以保持高浓度和高活性，同时可以激活油层中本来的功能菌群，并通过连续的地面地下循环，保证其组成和功能稳定，实现稠油高效冷位开采。