本发明公开了一种用于确定光伏发电单元隐性碳排放的方法及系统，属于碳排放计量技术领域。本发明方法，包括：确定光伏单元中光伏组件的材料结构和电路结构数据，基于所述材料结构和电路结构数据，建立所述光伏组件的内部能量损耗计算模型；基于所述内部能量损耗计算模型，计算所述光伏组件的内部光损耗和内部热损耗；将所述内部光损耗和内部热损耗，作为所述光伏组件的总能量损耗，基于组合边际排放因子，将所述总能量损耗转换为所述光伏组件的隐性碳排放量，通过所述光伏组件的隐性碳排放量，确定所述光伏单元的隐性碳排放量。本发明的应用提高了光伏设备碳排放计算的准确率。