本发明提供了一种综合聚类算法的谐波分区溯源方法。首先，利用离散小波变换(DWT)对谐波数据进行分解重构，提出局部高频DWT方法进行降噪，减少后续计算的复杂度；其次，采用kmeans聚类方法对谐波进行分区；再次，应用最长公共子序列(LCSS)方法解决谐波分区中存在的时移问题；最后，根据各采样点功率方向不同确定谐波来源。本发明相比传统的谐波聚类溯源方法，无论是准确度还是在抗非主导谐波源干扰能力都具有一定优越性，并且更适用于复杂大电网下的谐波分区溯源工作。