本发明公开了一种变电站一二次设备及间隔自动关联方法及系统，方法包括：创建全站的SSD文件；获取各二次设备的IPD文件以及ICD文件；创建各一次间隔的一次端子箱以及二次设备屏柜的CPD文件；创建全站的SPD文件；创建全站SCD文件；基于SSD文件与SPD文件中Bay元素的name属性确定单间隔设备的间隔关联；基于IPD文件、CPD文件和SPD文件确定与跨间隔设备有接关系的一次端子箱，基于SSD文件与一次端子箱的CPD文件中Bay的name属性确定跨间隔设备的间隔关联。本方案基于现有建模文件完成了一次间隔与二次设备的自动关联，将一二次设备关联工作融合进变电站设计过程之中，大大提高了关联的效率。