本发明公开了一种基于绿证协商交易的综合能源服务商合作运行方法和系统，步骤如下：建立考虑绿证供需和可再生能源发电成本的绿证协商交易模型；建立用于计算由绿证获得碳配额的绿证‑碳交互模型；建立基于日运行成本的纳什谈判合作运行模型；采用ADMM将该非凸非线性的模型转换为联盟运行成本最小化和收益分配两个子问题；通过求解确定服务商间的能源交互功率、绿证成本，并对系统内的能源设备的运行功率进行优化调度。本发明实现了基于减少系统碳排放，降低绿证成本，提高能源交互，促进服务商共同降低日运行成本的综合能源系统合作优化运行，使得能源服务商系统内的多余能源与其他服务商进行共享交互，以提升可再生能源消纳，减少能源的浪费。