本发明提供一种基于ES的医疗主索引抽取合并方法及系统，将数据全量抽取到sqlserver中存储，再从sqlserver中抽取数据到elasticsearch中进行抽取合并，完成主索引初始化后，并行进行实时和准实时的增量抽取，并在每次增量抽取后记录当前快照的最后一条数据的数据更新时间，在下一次增量抽取时，以所述数据更新时间为基准并回退一秒后开始增量抽取，以使临界值的数据重复处理一次。本发明的方案可实现海量数据下的高效查询，并能够增量抽取和自动修复，实现业务解耦，满足数据溯源，解决准实时性压力负载问题。